學(xué)術(shù)分享

WHO的COVID-19 Weekly Epidemiological Update系列中¹提到了XD、XE、XF這個(gè)概念，但著墨不多，指出：還沒有證據(jù)指示這3個(gè)變異體有更強(qiáng)的傳染性，還需進(jìn)一步加強(qiáng)監(jiān)測(cè)，要對(duì)某些癥狀保持警惕以避免感染。

2022.03.25，英國衛(wèi)生與安全局(UKHSA)官網(wǎng)的newstory一欄²，指出英國已經(jīng)發(fā)現(xiàn)XE確診病例637例(統(tǒng)計(jì)截止自2022.03.22)。同時(shí)，相關(guān)研究表明XE的傳播速度非?？?，相對(duì)于目前傳播最快的BA.2，還要高9.8%。

2022.04.08，UKHSA官網(wǎng)發(fā)布指出英國已經(jīng)發(fā)現(xiàn)XE確診病例1179例³，其中1125例分布在英格蘭(統(tǒng)計(jì)截止自2022.04.05)，已明確XE在英國能夠通過社區(qū)傳播、具有潛在傳播性。且最新的數(shù)據(jù)證實(shí)，XE的平均增長速度要比BA.2高出12.6%。而近3周內(nèi)，XE的平均增長速度要比BA.2高出20.9%！

新冠病毒屬于RNA病毒，它的變異非?？?，但是大多數(shù)突變是無意義的，少部分會(huì)有負(fù)面影響，只有非常少的一些突變，會(huì)增強(qiáng)其傳染性、致病性或免疫逃逸能力。那么，什么是新冠變異株？奧密克戎新毒株XE有哪些關(guān)鍵特征？大眾又該如何預(yù)防？

新冠病毒是單股正鏈RNA病毒，基因組大小約為3萬個(gè)堿基(具體: 29891個(gè)堿基)⁴；冠狀病毒是目前已知最大RNA病毒。盡管新冠病毒具有復(fù)制校正功能，但是病毒在廣泛的流行和復(fù)制過程中，仍然不斷發(fā)生變異，出現(xiàn)了多種變異毒株。

基于新冠病毒的系統(tǒng)發(fā)關(guān)系，研究人員提出了多種新冠病毒的分類體系，如GISAID clade、PANGO lineage 和 Nextstrain clade等分類體系。2020年末起，WHO用希臘字母來分組全球廣泛流行且具有較大公共衛(wèi)生風(fēng)險(xiǎn)的新冠變異株，即Alpha、Beta、Gamma、Delta、Omicron，這對(duì)非科學(xué)受眾討論來說會(huì)更容易和更實(shí)用⁵。

此外，WHO根據(jù)病毒公共衛(wèi)生風(fēng)險(xiǎn)大小，依次將新冠變異毒株分為3個(gè)組。第一個(gè)是“值得關(guān)注的突變株”(VOC, variant of concern)，包括 Alpha(對(duì)應(yīng)的 PANGO lineage為 B.1.1.7)、Beta(B.1.351)、Delta(B.1.617.2)、Gamma(P.1)和 Omicron(B.1.1.529)突變株；第二個(gè)是“待觀察的突變株”(VOI, variant of interest；第三個(gè)是“監(jiān)控下的變異毒株” (VUM, variant under monitoring)⁵。

其中，VOC變異株最需要關(guān)注，符合以下條件: (1)變異株傳播能力增加或加重流行病學(xué)特征; (2)致病性增加或改變臨床表征;(3)降低公共衛(wèi)生防控的效果或影響診斷、疫苗和治療方法。

VOI變異株的定義是: ①具有預(yù)測(cè)或已知的病毒生物學(xué)特征(如病毒傳播力、致病嚴(yán)重程度、免疫逃逸、診斷和治療逃逸等)改變的基因變異；②流行病學(xué)特征的改變: 在多個(gè)國家/地區(qū)，經(jīng)確定可導(dǎo)致重大社區(qū)傳播或多例COVID-19聚集性病例, 這些國家的相對(duì)患病率隨時(shí)間推移而增加, 或其他明顯的流行病學(xué)影響，表明全球公共衛(wèi)生面臨新風(fēng)險(xiǎn)。

VUM變異株的定義是: 一種SARS-CoV-2變異，其遺傳變化被懷疑會(huì)影響病毒特征，并有跡象表明它可能構(gòu)成未來風(fēng)險(xiǎn)，但目前表型或流行病學(xué)影響的證據(jù)尚不清楚，需要加強(qiáng)監(jiān)測(cè)和重復(fù)評(píng)估，等待新的證據(jù)⁵。

目前，WHO發(fā)布的VOC包括5種變異株，其中Alpha、Beta、Gamma已歸類為先前流行的需要關(guān)注的變異株，而目前流行的VOC是Delta和Omicron。

自 2021 年 11 月首次報(bào)告 Omicron 變體以來⁶，已有超過 240 萬個(gè)序列保存在 GISAID 中。到 2022 年 1 月的第一周，Omicron 占提交序列的 90%；到第五周，Omicron 已在很大程度上取代了所有其他變體，現(xiàn)在占全球提交序列的 99.8% 以上。Omicron 有許多亞型，包括 BA.1、BA.1.1、BA.2 和 BA.3。在過去一段時(shí)間里，BA.2 已成為主要變體，GISAID報(bào)告了 251 645 個(gè)序列（85.96%），其余依次為125 485個(gè)BA.1.1序列（8.98%）、54 724個(gè)BA.1序列（4.26%）和70個(gè)BA.3序列（<0.1%）。

圖1：Omicron各亞型的發(fā)病率(按周計(jì)算收集的標(biāo)本)

*Omicron各亞型全球分布來自GISAID，截止日期2022.3.22 14:00 CET

當(dāng)前根據(jù)水平掃描可以確認(rèn)有3個(gè)重組變異株，分別是XD, XE, 和XF。屬于按pango體系分類。其中XD和XF都是Omicron BA.1和Delta變體的重組，XE則是Omicron BA.1 和BA.2的重組體。

XE包含了3個(gè)獨(dú)特突變：NSP3 C3241T(同義)和V1069I(非同義)，以及NSP12 C14599T(同義)。XD包含的獨(dú)特突變是NSP2: E172D。XF和XE都和英國的測(cè)序樣本相關(guān)，XD則主要發(fā)生在法國。圖2顯示了XD、XE和XF的重組譜系，從圖中不難看出，XE是BA.1/BA.2重組體，大部分基因組包括BA.2的S基因。

圖2：XD、XE和XF的重組譜系

第一層-橙色：SARS-CoV-2基因組的全長

第二層-深橙/黃/橙色：基因組中的基因位置

第四層-綠色：Delta參考基因組顏色

第五層-紫色，BA.1

第六層-紫丁香色，BA.2

XD、XE和XF位于第7層至第9層，并用斷點(diǎn)及其斷點(diǎn)的基因位置進(jìn)行注釋

根據(jù)UKHSA官網(wǎng)發(fā)布的技術(shù)簡(jiǎn)報(bào)第39篇³(SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England——Technical briefing 39, 2022.03.25)：

2周后, 根據(jù)UKHSA官網(wǎng)發(fā)布的技術(shù)簡(jiǎn)報(bào)第40篇³(SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England——Technical briefing 40, 2022.04.08)：

• 在GISAID中總共確定了68個(gè)XD樣本，其中66個(gè)來自法國，荷蘭和比利時(shí)各有一名(統(tǒng)計(jì)截止2022.04.01)。迄今為止英國還沒有檢測(cè)到XD變體。簡(jiǎn)單來說，XD是Omicron S基因整合到Delta基因組中，主要存在于法國。雖然XD目前病例數(shù)不多，但是在2022.03.09號(hào)被歸類為VUM(圖3)，也就是說世衛(wèi)組織對(duì)其變異特征和公共衛(wèi)生風(fēng)險(xiǎn)的要進(jìn)行比較評(píng)估、監(jiān)控和跟蹤。

圖3：VUM(監(jiān)視下的變異株)

• 英國已經(jīng)發(fā)現(xiàn)XE確診病例1179 例，其中1125例分布在英格蘭(統(tǒng)計(jì)截止自2022.04.05)，已明確XE在英國能夠通過社區(qū)傳播、具有潛在傳播性。且最新的數(shù)據(jù)證實(shí)，XE的平均增長速度要比BA.2高出12.6%。而近3周內(nèi)，XE的平均增長速度要比BA.2高出20.9%！XE傳播速度的增長變化趨勢(shì)詳見圖4。

圖4：不同時(shí)期XE相對(duì)BA.2的傳播速度

在40期的技術(shù)簡(jiǎn)報(bào)中，指出奧密克戎亞型BA.4 ，按VTG分類為V-22APR-03 ，而BA.4(V-22APR-03)需要重點(diǎn)監(jiān)測(cè)XF重組變異株，但并未重點(diǎn)描述XF的流行病學(xué)特征、因而推測(cè)XF變異株不太可能導(dǎo)致持續(xù)的社區(qū)傳播。此外，我們也注意到，變異株技術(shù)組 (the Variant Technical Group, VTG)在2022.04.06重新劃分XD重組變異株為V-22APR-01, XE重組變異株為 V-22APR-02。

在2022.03.14，暨南大學(xué)病原微生物研究團(tuán)隊(duì)對(duì)全球出現(xiàn)的新冠病毒奧密克戎變異株的全基因組序列及其刺突蛋白(Spike)基因序列進(jìn)行了精細(xì)分析，首次發(fā)現(xiàn)奧密克戎變異株S基因與阿爾法(Alpha)、貝塔(Beta)、德爾塔(Delta)等Variants of Concern(VOC)/Variants of Interest(VOI)之間發(fā)生了多次跨變種重組的可靠證據(jù)。不過根據(jù)目前的信息，我們還難以確定該團(tuán)隊(duì)報(bào)道的跨變種重組是否包含XD、XE和XF。

XD于2022.03.09被列為VUM，是否可能會(huì)取代BA.2變成主流的傳播毒株呢？從目前的數(shù)據(jù)來看，樣本量過少，還不能下這樣的結(jié)論，仍需要長期的觀察。通過未來2周、甚至2個(gè)月的去觀測(cè)感染率、是上升還是消亡，從而判讀它是否能夠取代目前流行毒株BA.2。

現(xiàn)有證據(jù)提示XE的傳播速度相對(duì)BA.2要高出20.9%，我們?nèi)砸硇詫?duì)待，目前WHO并未將XE列為VUM、VOI，說明影響力暫時(shí)沒有那么高，當(dāng)前需要做的是繼續(xù)密切監(jiān)視、處理與 SARS-CoV-2變體有關(guān)的所有數(shù)據(jù)。

XF近期未見流行病例，因而XF形成大面積傳播的可能性相當(dāng)?shù)汀?/p>

中國疾控中心流行病學(xué)首席專家吳尊友介紹，關(guān)于新冠病毒新變異毒株XE，及其在傳播流行范圍、傳染性、致病性等方面的相關(guān)研究一直在進(jìn)行。結(jié)合過去兩年多對(duì)新冠病毒變異情況的研究和對(duì)這一類病毒的認(rèn)識(shí)來看，新冠病毒的變異持續(xù)發(fā)生是常見的事情，在這方面我們有思想準(zhǔn)備。

重組變體并不罕見，特別是當(dāng)有幾種變體在流通時(shí)，并且在迄今為止的大流行過程中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了幾種變體。與其他種類的變體一樣，大多數(shù)會(huì)相對(duì)較快地消亡。實(shí)現(xiàn)對(duì)全球人群中流行的新冠變異毒株的主動(dòng)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)、及時(shí)地對(duì)變異毒株的公共衛(wèi)生風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行評(píng)估和預(yù)警、進(jìn)一步優(yōu)化疫苗和藥物的研制、確保診斷試劑的靈敏診斷，堅(jiān)決執(zhí)行常態(tài)化防控措施，都是應(yīng)對(duì)新冠病毒繼續(xù)變異的有效措施。

伯杰醫(yī)療已經(jīng)完成對(duì)現(xiàn)有試劑（新型冠狀病毒2019-nCoV核酸檢測(cè)試劑盒(熒光PCR法): 國械注準(zhǔn)20203400065）引物探針與目前主要流行變異株的序列對(duì)比，針對(duì)變異株XE內(nèi)等主流變異株不會(huì)出現(xiàn)脫靶和漏檢，仍可保證檢測(cè)試劑的準(zhǔn)確性和靈敏性。